macOS アプリインストールメモ (Catalina, MacPorts環境)
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はじめに
OpenModelica の開発版のインストールにともない、macOS の Catalina へのアップグレードと MacPorts の再インストールを行ったのですが、この環境に依存する他のソフトウェアも再インストールしなければなりません。そこで、Python と OpenModelica を除く科学技術系のアプリについてインストールメモを残すことにしました。随時、追記や修正を行います。MacPorts がインストールされた環境とはいっても、ソフトウェアによってはMacPorts を使用しないでインストールした方がよいものもあり適宜判断します。
FreeCAD 0.18
MacPorts での状況
2020/01/07 現在では、MacPorts でのインストールは失敗します。MacPorts で
sudo port install freecad
と入力すると、依存する Open CASCADE Ver.7.4 がインストールされますが、これに問題があるようです。以下の様に、 OCE (Open CASCADE Community Edition) を使うオプションでインストールできました。
sudo port clean freecad sudo port install freecad +oce
Open CASCADE Technology 版は、MacPosts で 2019/12/22 に Ver.7.3 から Ver.7.4 にアップデートされています。これより前に MacPorts をインストールしている場合は、
port installed opencascade
と入力して、もし Ver.7.3 がインストールされている場合、以下の様にして Ver.7.3 をアクティブにしてインストールすることもできます。
sudo port deactivate opencascade@7.4.0_0 sudo port activate opencascade@7.3.0_0 sudo port clean freecad sudo port install freecad
インストール後に opencascade のバージョンを戻してもOKです。
だだし、まだPython3とQt5に未対応で、Python27とQt4を使用しています。結局はアンインストールしました。
dmg パッケージのインストール
結局、 https://www.freecadweb.org/?lang=ja から FreeCAD_0.18-16146-OSX-x86_64-conda-Qt5-Py3.dmg をダウンロードしてインストールすることにしました。こちらは Python 3.6.7 と Qt5 を使用します。最初の起動時は、 FreeCAD のアイコンを Ctrl を押しながらクリックして[開く]を選択します。
FreeCAD (Python 3.6.7 を使用している。)
ParaView 5.6.2
MacPorts パッケージのインストール
以下の様に入力することにより、インストールオプションを見ることができます。
port variant paraview
Python 3.7 サポートを加えました。
sudo port install paraview +python37
GNU Octave 5.1.0 4.4.1 u1
MacPorts の状況とアンインストール
Octave が使用する Sundials Ver.2 は、OpenModelica が使用する Sundials 3.1.2 とコンフリクトするので、Sundials を使用しない variant でインストールしました。 いったん MacPorts で
sudo port install octave -sundials
のようにインストールしましたが、
- ODEソルバーやDAEソルバーなどを調べるため Sundials を使用したい。
- 依存関係でインストールされる texlive-basic, texlive-latex, texlive-fonrts-recomended などが後述する MacTeX とコンフリクトする。
などの理由により、MacPorts 版をアンインストールしました。
MacTeX とのコンフリクトを避けるため以下のパッケージををアンインストールしました。
octave texlive-basic @50893_0+doc (active) texlive-bin @2019.50896_2+x11 (active) texlive-bin-extra @50853_1+doc (active) texlive-common @2019_0 (active) texlive-fonts-recommended @49603_0+doc (active) texlive-latex @50741_0+doc (active) texlive-latex-recommended @50818_0+doc (active) dvipng pgf dvisvgm latexmk pdfjam latexdiff
dmg パッケージのインストール
結局、Octave.app より Octave-4.4.1.dmg をダウンロードしてインストールしました。最新版の5.1.0 Beta も試しましたが GUI が不安定なので止めました。
常微分方程式のテストです。
function xdot = f(x,t)
xdot=-exp(-t)*x^2;
endfunction
x=lsode("f",2,(t=linspace(0,5,50)'));
plot(t,x)
Octave 常微分方程式の例
ターミナルから使えるようにする
ターミナルで次の様に、/usr/local/bin に実行ファイルのシンボリックリンクを作成しました。
sudo ln -sf /Applications/Octave-4.4.1.app/Contents/Resources/usr/Cellar/octave-octave-app@4.4.1/4.4.1/bin/octave /usr/local/bin/octave sudo ln -sf /Applications/Octave-4.4.1.app/Contents/Resources/usr/Cellar/octave-octave-app@4.4.1/4.4.1/bin/octave-cli /usr/local/bin/octave-cli sudo ln -sf /Applications/Octave-4.4.1.app/Contents/Resources/usr/Cellar/octave-octave-app@4.4.1/4.4.1/bin/mkoctfile /usr/local/bin/mkoctfile sudo ln -sf /Applications/Octave-4.4.1.app/Contents/Resources/usr/Cellar/octave-octave-app@4.4.1/4.4.1/bin/octave-config /usr/local/bin/octave-config
Jupyter Notebook から使えるようにする
macOSのPython環境について に書いたように anaconda の環境で Jupyter Notebook が使えます。
anaconda3-2019.10 の環境で次の様に入力しました。
(anaconda3-2019.10) % conda install -c conda-forge octave_kernel
この状態で Jupyter Notebook を起動します。
(anaconda3-2019.10) % jupyter notebook
New のプルダウンメニューに Octave が追加されています。
Jupyter Notebook での Octave
参考 http://homepages.math.uic.edu/~hanson/Octave/OctaveODE-EG.html
wxMaxima 18.02.0 (Maxima 5.41 with SBCL)
以下の様にインストールしました。
sudo port install wXmaxima
ターミナルから起動するため、~/.zshrc に以下を追記しました。
alias emacs='/Applications/Macports/EmacsMac.app/Contents/MacOS/Emacs'
GNU Emacs 26.3 (emacs-mac-app 7.8.1)
以下の様にインストールしました。
sudo port install emacs-mac-app
ターミナルから起動するために、~/.zshrc に以下を追記しました。
alias emacs='/Applications/Macports/EmacsMac.app/Contents/MacOS/Emacs'
以下の様に設定しています。 フォント Ricty Diminished を使っています。大した設定は行ってませんが、いろいろなサイトを参照しました。
~/.emacs.d/init.el の内容
(set-language-environment 'Japanese)
(prefer-coding-system 'utf-8)
;; inhibit startup message
(setq inhibit-startup-message t)
;; font setting
(add-to-list 'default-frame-alist '(font . "Ricty Diminished-20"))
;; バックスラッシュ
;; https://gist.github.com/1689037
(define-key global-map [?¥] [?\\])
(define-key global-map [?\C-¥] [?\C-\\])
(define-key global-map [?\M-¥] [?\M-\\])
(define-key global-map [?\C-\M-¥] [?\C-\M-\\])
;; カーソルの点滅を止める
(blink-cursor-mode 0)
;; ツールバーを非表示にする
(tool-bar-mode -1)
;; スクラッチバッファのメッセージをなくす
(setq initial-scratch-message "")
;; スクロールを１行ずつにする
(setq scroll-step 2)
(setq scroll-margin 5)
(setq
;; ホイールでスクロールする行数を設定
mouse-wheel-scroll-amount '(1 ((shift) . 2) ((control)))
;; 速度を無視する
mouse-wheel-progressive-speed nil)
;; バックアップファイルをつくらない
(setq make-backup-files nil)
(setq auto-save-default nil)
;; 行間
(setq-default line-spacing 3)
;; ビープ音を無くす
(setq ring-bell-function 'ignore)
(require 'package)
(add-to-list 'package-archives '("melpa" . "http://melpa.milkbox.net/packages/"))
(add-to-list 'package-archives '("marmalade" . "http://marmalade-repo.org/packages/"))
(fset 'package-desc-vers 'package--ac-desc-version)
(package-initialize)
LibreCAD 2.2.0-20190419
sudo port install LibreCAD
でインストールされる Ver.2.1.3 は Catalina に対応していないので、development 版を Ver.2.2.0-20190419 をインストールしました。
sudo port install LibreCAD-devel
MacTex 2019
MacPorts を使用して TeX Live をインストールしたのですが、TeX Live の管理ツールである tlmgr がインストールされないようです。
- アップデートが行えない。
- TeX Wiki ヒラギノフォント に書かれた手順でヒラギノフォントの埋め込みができない。
という理由で TeX Live を止めて、 MacTeX をインストールし直すことにしました。
MacPorts の Tex Live のアンインストール
最初、
sudo port install texlive +full
として、MacPorts の TeX Live をフルインストールしてしまったので、これをアンインストールするためには
sudo port uninstall texlive
だけでは不十分で、
port info texlive
で Library Dependencies を調べて、インストールされる個々のポートと、さらにそれらが依存するポートをアンインストールする必要がありました。つまり、texlive- ではじまる全てのポートのアンインストールです。さらに、MacPorts が使用する /opt/local/bin にあるプログラムと MacTeX が使用する /Library/texmf/bin にあるプログラムでは、/opt/local/bin の方が優先されるため、重複するプログラムはアンインストールする必要があります。MacTeX インストール後に確認し MacPorts の以下のポートをアンインストールしました。
detex t1utils ps2eps groff psutils
MacTeX のインストール
TeX Wiki の MacTeX のページからミラーサイト https://texwiki.texjp.org/?MacTeX#mirror を調べて、MacTeX-20190508.pkg をダウンロードしました。ダブルクリックしてインストールします。インストール方法の概要は、Tex Wiki MacTeX が参考になります。
Ghostscript は MacPorts でインストールされたものを使うので、[インストールの種類]の画面で、[カスタマイズ]ボタンをクリックし、カスタムインストールの画面で Ghostscript-9.27 のチェックをはずします。インストールしてしまうと、https://blog.ikappio.com/how-to-uninstall-mactex/ に書いてある 「Ghostscript を削除」を参考にして削除作業をしなければなりません。
カスタムインストールの画面で Ghostscript をはずす
パッケージのインストール後、私の環境ではログインしなおさないと、MacTex 関係のパスが有効になりませんでした。ログインし直しなおすと PATH は次の様になりました。
% echo $PATH /Users/xxxxx/.pyenv/plugins/pyenv-virtualenv/shims:/Users/xxxxx/.pyenv/shims:/Users/xxxxx/.pyenv/bin:/opt/local/bin:/opt/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/Library/TeX/texbin:/opt/X11/bin
アップデートと用紙サイズをA4にする設定を行います。
sudo tlmgr update --self --all sudo tlmgr paper a4
ヒラギノフォントの埋め込み
TeX Wiki ヒラギノフォントに記載された一連の作業を行ます。
sudo tlmgr repository add http://contrib.texlive.info/current tlcontrib sudo tlmgr pinning add tlcontrib '*' sudo tlmgr install japanese-otf-nonfree japanese-otf-uptex-nonfree ptex-fontmaps-macos cjk-gs-integrate-macos sudo tlmgr install cjk-gs-integrate adobemapping sudo cjk-gs-integrate --link-texmf --cleanup sudo cjk-gs-integrate-macos --link-texmf sudo mktexlsr sudo kanji-config-updmap-sys --jis2004 hiragino-highsierra-pron
現在の設定を確認するときは、TeX/Install を参考に次の様にします。
% kanji-config-updmap status CURRENT family for ja: hiragino-highsierra-pron Standby family : hiragino-highsierra Standby family : ipa Standby family : ipaex Standby family : ms Standby family : yu-win10
TeXShop の設定
設定の詳細は、TeX Wiki TeXShop/設定 を参考にしました。
Launchpad の TeXShop のアイコンまたはアプリケーションフォルダの TeX にある TeXShop.app を起動します。メニューの [TeXShop] > [アップデートを確認…]を実行してアップデートします。メニューの[TeXShop]>[環境設定…]を選択し、[書類]タブの[設定プロファイル]を upTeX(ptex2pdf) にするだけで大丈夫でした。[内部設定]タブの Distiller (Ghostscript) の欄は、/opt/local/bin にして MacPorts の Ghostscript を使用するように変更します。
下図のようにテキストを入力し、Command-T を押すとタイプセットされプレビュー画面が起動します。
\documentclass[dvipdfmx,autodetect-engine]{jsarticle}
\begin{document}
\section{はじめに}
OpenModelica の開発版のインストールにともない、macOS の Catalina へのアップデートと MacPorts の再インストールを行いました。
\LaTeX の環境は、MacPorts でインストールした TeX Live から MacTeX に乗り換えました。
これは、テストです。
\begin{equation}
\tan{x} \equiv \frac{\sin{x}}{\cos{x}}
\end{equation}
大丈夫そうですね!
\end{document}
LaTeXiTの設定
設定の詳細は、Tex Wiki LaTeXiT を参考にしました。
Launchpad の LaTeXiT のアイコンまたはアプリケーションフォルダの TeX にあるLaTeXiT を起動します。
メニューの[LaTeXiT]>[アップデートの確認…]を実行してアップデートします。
メニューの[LaTeXiT]>[環境設定…]を選択します。
- [一般]タブの[書き出しフォーマット]を[PDF with outlined fonts] にします。
- [プログラム]-[コマンド]で latex+dvipdf を選択します。
- Ghostscript (gs) の欄に /opt/local/bin/gs を書き込みます。
- ps2pdf の欄に /opt/local/bin/ps2pdf を書き込みます。
以上です。
LaTeXiT プログラム設定
下の様に LaTeXiT の入力欄に LaTeX形式で数式を書き込み、[LaTeX it!]ボタンを押します。整形された数式を Keynote などにコピー＆ペーストして使います。
LaTeXiT の使用例
R 3.6.1
MacPorts で、以下の様にインストールしました。MacPorts に含まれる GUI アプリ R-app はインストールに失敗しました。
sudo port install R +accelerate
RStudio 1.2.5033
https://rstudio.com の Products の Studio Desktop より Open Source Edition である Studio-1.2.5033.dmg をダウンロードしてインストールしました。初回、Studio.appを右クリックして開くを選ぶ。MacPorts でインストールした R が認識されてるようです。
RStudio の初期画面
Julia 1.3.0
以下の様にしてインストールしました。
sudo port install julica
Jupiter Notebook で使えるようにする
ターミナルで julia と入力して起動し、”]”キーを押します。pkg>と表示されたら、add IJulia と入力します
% julia
_
_ _ _(_)_ | Documentation: https://docs.julialang.org
(_) | (_) (_) |
_ _ _| |_ __ _ | Type "?" for help, "]?" for Pkg help.
| | | | | | |/ _` | |
| | |_| | | | (_| | | Version 1.3.0 (2019-11-26)
_/ |\__'_|_|_|\__'_| |
|__/ |
(v1.3) pkg> add IJulia
~/Library/Jupyter/kernels/Julia-1.3 に kernel.json が追加されます。
Jupyter Notebook の New メニューに Julia 1.3.0 が追加されています。
Jupiter Notebook の Newメニュー
参考
Julia v1.0.1 のインストールと Jupyter Notebook で使うまで
